Monseigneur Charles Lavigerie se voit confier, en 1868, l’Évangélisation de tout le Sahara et de tout le Sud Sahara. C'est à Tombouctou qu'il rêve de fonder la première Communauté Chrétienne. L'homme propose, mais Dieu dispose.

Une première caravane se met en route à travers le désert. Nous sommes en 1876. Elle est massacrée par ses guides Touaregs. Cinq ans après, en 1881, un deuxième groupe de volontaires tente la percée par le même désert. Lui aussi est massacré... La route du Mali, par le Sahara, restera longtemps fermée aux messagers de l'Évangile.

Pendant ce temps, les Pères du Saint-Esprit, de Saint-Louis du Sénégal, poussent une reconnaissance vers le Sud-Est; ils arrivent à Kita et s'y installent en 1888, suivis par les Sœurs de Saint Joseph de Cluny à Kayes. L’Église du Mali est née!

Les Pères Blancs vont suivre la même route pour continuer en direction de Tombouctou qui reste leur objectif premier. En 1895 ils atteignent enfin Ségou. Les Sœurs blanches les y rejoindront en 1897.

Cette Eglise a la taille d'un continent. Elle embrasse en effet tout le Nord Sahara, la Côte-d'Ivoire,la Mauritanie, le Burkina Faso, le Niger, le Nord-Ghana et une partie de la Guinée. Très vite, des Décrets successifs de Rome viendront en modifier les dimensions. Toutefois, il faudra attendre 1964, avec l'érection du Diocèse de San, pour voir les dimensions de l'Eglise du Mali correspondre aux limites du Territoire National.